Ild har præget La Fenice i alle faser af dens eksistens. Teatret blev opført i 1790'erne som erstatning for Teatro San Benedetto, der var brændt ned i 1774. Selve navnet, der på italiensk betyder »Føniksen«, vidner om denne oprindelse. I december 1836 ødelagde en defekt ovn det nyopførte teaters indre. Brødrene Meduna genopbyggede det på under et år, og ved genåbningen i 1837 fik salen den indretning, der stadig præger salen i dag.
Den seneste og mest ødelæggende brand brød ud natten til den 29. januar 1996. Ildene ødelagde teatret på under ni timer, så kun ydervæggene stod tilbage. Brandfolkene havde svært ved at nå frem til bygningen, fordi de to kanaler, der lå tættest på, var blevet tømt i forbindelse med uddybning – ironisk nok netop for at redningsbådene kunne bevæge sig mere frit.
En domstol i Venedig fastslog i 2001, at branden var påsat. To elektrikere, Enrico Carella og Massimiliano Marchetti, havde arrangeret det for at dække forsinkelser i deres reparationsarbejde, som var ved at udløse kontraktmæssige bøder. Begge kom i fængsel.
Genopbygningen kostede omkring 90 millioner euro og tog syv år. La Fenice genåbnede den 14. december 2003 med en koncert under ledelse af Riccardo Muti. Det fulde operaprogram blev genoptaget i 2004.

