In de zuidelijke entreehal staat de Zenkapel ter ere van kardinaal Giambattista Zen. Het toont een 5e-eeuwse bronzen boogpoort uit Constantinopel en een mozaïekcyclus die het leven van Marcus in 12 scènes illustreert. Deze scènes omvatten de profetie van de engel over de begrafenis van Marcus in Venetië en het goddelijke recht van de kerk om zijn relikwieën te bezitten. Verken andere kapellen zoals de Kapel van Sint Giovanni, die het leven van Sint Jan illustreert, en de Cappella della Madonna Nicopeia, waar het beroemde Byzantijnse icoon van de Madonna Nicopeia staat.