Vuur heeft La Fenice in elke fase van zijn bestaan gevormd. Het theater werd in de jaren 1790 gebouwd ter vervanging van het Teatro San Benedetto, dat in 1774 was afgebrand. De naam zelf, Italiaans voor "De Feniks", verwijst naar die oorsprong. In december 1836 verwoestte een defecte kachel het interieur van het pas gebouwde theater. De gebroeders Meduna bouwden het binnen een jaar weer op, en bij de heropening in 1837 kreeg het de inrichting die de zaal tot op de dag van vandaag kenmerkt.
De meest recente en meest verwoestende brand brak uit in de nacht van 29 januari 1996. De vlammen hebben het theater in minder dan negen uur volledig verwoest, waardoor alleen de buitenmuren overeind bleven. De brandweer had moeite om het gebouw te bereiken omdat de twee kanalen die er het dichtst bij lagen waren leeggepompt voor baggerwerkzaamheden – ironisch genoeg juist om ervoor te zorgen dat de reddingsboten zich vrijer konden bewegen.
Een rechtbank in Venetië oordeelde in 2001 dat de brand brandstichting was. Twee elektriciens, Enrico Carella en Massimiliano Marchetti, hadden het zo geregeld om vertragingen bij hun reparatiewerkzaamheden op te vangen die anders tot contractuele boetes zouden leiden. Ze zijn allebei de gevangenis ingegaan.
De wederopbouw kostte ongeveer 90 miljoen euro en duurde zeven jaar. La Fenice ging op 14 december 2003 weer open met een concert onder leiding van Riccardo Muti. In 2004 werd het volledige operaprogramma weer opgepakt.
