Brann har preget La Fenice i alle faser av dens historie. Teateret ble bygget på 1790-tallet for å erstatte Teatro San Benedetto, som hadde brent ned i 1774. Selve navnet, som på italiensk betyr «Føniks», vitner om denne opprinnelsen. I desember 1836 ødela en defekt ovn interiøret i det nybygde teatret. Brødrene Meduna gjenoppbygde det i løpet av et år, og gjenåpningen i 1837 ga salen den innredningen som fremdeles preger den i dag.
Den siste og mest ødeleggende brannen brøt ut natten til 29. januar 1996. Flammene brente ned teateret på under ni timer, slik at bare ytterveggene sto igjen. Brannmannskapene hadde problemer med å komme seg frem til bygningen fordi de to kanalene nærmest den var blitt tømt for mudring – ironisk nok nettopp for at redningsbåtene skulle kunne bevege seg lettere.
En domstol i Venezia fastslo i 2001 at brannen var påsatt. To elektrikere, Enrico Carella og Massimiliano Marchetti, hadde ordnet det slik for å kompensere for forsinkelser i reparasjonsarbeidet deres som var i ferd med å utløse kontraktsmessige bøter. Begge havnet i fengsel.
Gjenoppbyggingen kostet rundt 90 millioner euro og tok syv år. La Fenice gjenåpnet 14. desember 2003 med en konsert under ledelse av Riccardo Muti. Det fulle operaprogrammet ble gjenopptatt i 2004.







