La Fenice, varoluşunun her aşamasında yangınların etkisiyle şekillenmiştir. Tiyatro, 1774 yılında yanıp kül olan Teatro San Benedetto'nun yerine 1790'larda inşa edildi. Adı bile, İtalyanca'da "Anka Kuşu" anlamına gelen bu kelime, o kökeni yansıtıyor. 1836 yılının Aralık ayında, arızalı bir soba yeni inşa edilmiş tiyatronun içini tahrip etti. Meduna kardeşler binayı bir yıl içinde yeniden inşa ettiler ve 1837’deki yeniden açılış, bugün hâlâ salonun görünümünü belirleyen iç tasarımın temelini oluşturdu.
En son ve en yıkıcı yangın, 29 Ocak 1996 gecesi çıktı. Alevler tiyatroyu dokuz saatten kısa bir sürede tamamen kül etti; geriye sadece dış duvarlar kaldı. İtfaiye ekipleri binaya ulaşmakta zorlandı; çünkü binaya en yakın iki kanal, ironik bir şekilde acil durum botlarının daha rahat hareket edebilmesi için tarama çalışmaları nedeniyle boşaltılmıştı.
Venedik'teki bir mahkeme, 2001 yılında yangının kundaklama sonucu çıktığına hükmetti. İki elektrikçi, Enrico Carella ve Massimiliano Marchetti, onarım işlerindeki gecikmelerin sözleşme cezalarına yol açmasını önlemek için bunu ayarlamışlardı. İkisi de hapse girdi.
Yeniden inşa çalışmaları yaklaşık 90 milyon avroya mal oldu ve yedi yıl sürdü. La Fenice, 14 Aralık 2003 tarihinde Riccardo Muti'nin yönettiği bir konserle yeniden açıldı. 2004 yılında tam kapsamlı opera programı yeniden başlatıldı.
