Feuer hat La Fenice in jeder Phase ihres Bestehens geprägt. Das Theater wurde in den 1790er Jahren erbaut, um das Teatro San Benedetto zu ersetzen, das 1774 niedergebrannt war. Schon der Name, der auf Italienisch „Der Phönix“ bedeutet, verweist auf diesen Ursprung. Im Dezember 1836 zerstörte ein defekter Ofen das Innere des neu erbauten Theaters. Die Brüder Meduna bauten es innerhalb eines Jahres wieder auf, und bei der Wiedereröffnung im Jahr 1837 wurde die Innenausstattung festgelegt, die den Saal bis heute prägt.
Der jüngste und verheerendste Brand brach in der Nacht vom 29. Januar 1996 aus. Die Flammen zerstörten das Theater innerhalb von weniger als neun Stunden vollständig, sodass nur noch die Außenwände standen. Die Feuerwehr hatte Schwierigkeiten, das Gebäude zu erreichen, da die beiden ihm am nächsten gelegenen Kanäle für Baggerarbeiten trockengelegt worden waren – ironischerweise gerade deshalb, damit sich die Rettungsboote besser fortbewegen konnten.
Ein Gericht in Venedig entschied im Jahr 2001, dass es sich bei dem Brand um Brandstiftung handelte. Die beiden Elektriker Enrico Carella und Massimiliano Marchetti hatten dies veranlasst, um Verzögerungen bei ihren Reparaturarbeiten auszugleichen, die kurz davor standen, Vertragsstrafen nach sich zu ziehen. Beide kamen ins Gefängnis.
Der Wiederaufbau kostete rund 90 Millionen Euro und dauerte sieben Jahre. La Fenice wurde am 14. Dezember 2003 mit einem Konzert unter der Leitung von Riccardo Muti wiedereröffnet. Das vollständige Opernprogramm wurde 2004 wieder aufgenommen.

