Le feu a marqué La Fenice à chaque étape de son existence. Le théâtre a été construit dans les années 1790 pour remplacer le Teatro San Benedetto, qui avait été détruit par un incendie en 1774. Son nom même, qui signifie « le Phénix » en italien, témoigne de cette origine. En décembre 1836, un poêle défectueux a détruit l'intérieur du théâtre qui venait d'être construit. Les frères Meduna l'ont reconstruit en moins d'un an, et la réouverture de 1837 a donné naissance à l'aménagement intérieur qui caractérise encore aujourd'hui la salle.
L'incendie le plus récent et le plus dévastateur s'est déclaré dans la nuit du 29 janvier 1996. Les flammes ont ravagé le théâtre en moins de neuf heures, ne laissant que les murs extérieurs debout. Les pompiers ont eu du mal à accéder au bâtiment car les deux canaux les plus proches avaient été vidés en vue de travaux de dragage, ironiquement pour permettre aux bateaux de secours de se déplacer plus librement.
En 2001, un tribunal de Venise a conclu que l'incendie était d'origine criminelle. Deux électriciens, Enrico Carella et Massimiliano Marchetti, avaient mis cela en place pour pallier les retards pris dans leurs travaux de réparation, qui risquaient d'entraîner des pénalités contractuelles. Ils ont tous deux été incarcérés.
La reconstruction a coûté environ 90 millions d'euros et a duré sept ans. La Fenice a rouvert ses portes le 14 décembre 2003 avec un concert dirigé par Riccardo Muti. La programmation lyrique complète a repris en 2004.
