El fuego ha marcado la historia de La Fenice en cada etapa de su existencia. El teatro se construyó en la década de 1790 para sustituir al Teatro San Benedetto, que se había incendiado en 1774. Su propio nombre, que en italiano significa «El Fénix», hace referencia a ese origen. En diciembre de 1836, una estufa defectuosa destruyó el interior del teatro recién construido. Los hermanos Meduna lo reconstruyeron en menos de un año, y la reapertura de 1837 marcó el diseño interior que aún hoy caracteriza al auditorio.
El incendio más reciente y devastador se produjo la noche del 29 de enero de 1996. Las llamas redujeron el teatro a cenizas en menos de nueve horas, dejando en pie solo las paredes exteriores. Los bomberos tuvieron dificultades para llegar al edificio porque los dos canales más cercanos se habían vaciado para dragarlos, irónicamente para que las embarcaciones de emergencia pudieran moverse con mayor libertad.
Un tribunal de Venecia dictaminó en 2001 que el incendio fue provocado. Dos electricistas, Enrico Carella y Massimiliano Marchetti, lo habían organizado para cubrir los retrasos en sus trabajos de reparación, que estaban a punto de acarrearles multas contractuales. Los dos acabaron en la cárcel.
La reconstrucción costó unos 90 millones de euros y duró siete años. La Fenice volvió a abrir sus puertas el 14 de diciembre de 2003 con un concierto dirigido por Riccardo Muti. En 2004 se reanudó la programación operística completa.
