Nell'atrio meridionale, la Cappella Zen onora il Cardinale Giambattista Zen. Espone una porta ad arco in bronzo del V secolo proveniente da Costantinopoli e un ciclo di mosaici che illustra la vita di San Marco in 12 scene. Queste scene includono la profezia angelica sulla sepoltura di San Marco a Venezia e il diritto divino della Chiesa di possedere le sue reliquie. Esplora altre cappelle come la Cappella di San Giovanni, che illustra la vita di San Giovanni, e la Cappella della Madonna Nicopeia, che ospita la famosa icona bizantina della Madonna Nicopeia.